La Chiesa ridotta a magazzino
 
«Presso la Cattedrale e dove oggi sorge la residenza comunale i nostri vecchi ricordano di aver veduto un fabbricato, fra gli altri, che serviva ad uso di grande magazzino, di forma unicuspidale con facciata a pietre conce, scialbate, e prospiciente sulla Piazza. Questo fabbricato era l’antica chiesa di S.Giovanni decollato cui era annesso lo Spedale omonimo che, come fu detto altrove, dipendeva dalla casa di S. Maria della Misericordia di Siena. Fino dal secolo XIII adunque si hanno notizie certe di questa antica chiesa grossetana, la quale più tardi accolse la Confraternita detta di Misericordia i componenti la quale erano soliti radunarsi nella chiesa maggiore, ossia nella Cattedrale, per compiere non solo esercizi di culto, ma a prestare opere di carità vale a dire servizi ed assistenza agli infermi, sussidio ai poveri, aiuto e conforto ai prigionieri, come appunto si faceva in Firenze agli inizi del secolo XIV. Questa Confraternita come la più antica fra le altre della città godeva su di esse dei privilegi, e dai libri del Comune si rileva che questo le pagava annualmente un’offerta di lire dieci. Ebbe questa Confraternita verso la fine del secolo XVI a sostenere lunghe liti con quella di S. Gherardo per causa di precedenza e per sedare le pretenzioni dell’una e dell’altra non bastò l’intervento dell’autorità ecclesiastica ma fu d’uopo che sentenziasse in Grosseto l’autorità civile. Ciò apparisce dai repertori di notizie nell’Archivio Comunale di Grosseto ( Libro III). Nel 1587 la Compagnia della Misericordia non avendo denari per riuscire i suoi fabbricati, né potendo provvedere agli indumenti sacri, allo acquisto dei libri da chiesa e ad altro occorrente vendè a Mons. Claudio Borghesi

Nella foto scattata prima del 1867, anno d'inizio di costruzione del Palazzo del Comune, l'edificio sullo sfondo, che si affaccia sulla piccola Piazza del Duomo fra il Palazzo dei Priori e la cattedrale, ha al centro una parte intonacata in bianco. Si tratta della facciata dell'antica chiesa di S.Giovanni Decollato: si notano ancora le lesene ai lati della porta, che compaiono nel disegno del «Prospetto della Chiesa» della c.1 del "Cabreo o' descritione e piante de beni, et effetti della venerabile Compagnia di S.Giovanni Battista, detta della Misericordia nella Città di Grosseto" del 1730.
porzione di quel casamento contiguo alle case della Propositura, il quale essendo all’angolo dell’attuale vicolo del Duomo con la piazza, e perciò prossimo all’episcopio venne a questo aggiunto per mezzo di un cavalcavia detto volgarmente arco dei preti. Il vescovo da parte sua si obbligò a riparare le muraglie cadenti, a scavare due sepolture larghe e profonde per comodo della Confraternita nel cimitero attiguo alla Cattedrale conosciuto col nome di cimitero tondo di faccia all’antico episcopio, oggi casa Gigli, e di più provvedere per mezzo di una fogna allo scolo delle acque, a dare un’annua prestazione di una libbra di cera alla Compagnia nel giorno di tutti i Santi. Paolo V con suo breve del 9 maggio 1610 aggregava questa Confraternita a quella di San Giovanni decollato di Roma, e nel 1681 ai 19 d'aprile avveniva l'aggregazione colla Compagnia di S.Giovanni di Siena appellata volgarmente della morte. Pari alle due dette fratellanze questa in Grosseto aveva il pietoso ufficio di assistere fino al luogo del supplizio i condannati a morte, ed avvenuta l’esecuzione della sentenza condurli alle sepolture. Nell’ultima esecuzione capitale avvenuta in Grosseto al prato della Fiera nell’anno 1812 prestò servizio pietoso al condannato, certo Tommaso Gianneschi, reo di vari omicidi, la Confraternita della Misericordia...Soppresse nel 1785 le Confraternite laicali, anche questa di S.Giovanni decollato, sotto il titolo della Misericordia non fu risparmiata: vennero perciò alienati tutti i suoi beni, ed anche la chiesa fu chiusa al culto. I fratelli sempre ardenti del desiderio di compiere opere caritatevoli si adunarono in cattedrale e quivi redassero nel 1793 nuovi capitoli sperando di avere al più presto un asilo proprio, come richiedeva lo spirito di fede e di misericordia che li animava. E l’occasione si presentò favorevolissima. L’antica chiesa di S.Leonardo commenda dell’ordine di Malta, in virtù della soppressione Leopoldina era anch’essa stata chiusa; perciò i fratelli della Misericordia di Grosseto ad istanza del loro Priore, poterono ottenere per uso della Confraternita dal commendatario cav. Federigo Spadafuora la detta chiesa, col solo onore di soddisfare gli obblighi di culto inerenti alla commenda. Acquistasi poi dal nobile sig. cav. Celso Bargagli di Siena la commenda di S. Leonardo, è divenuto quegli proprietario della chiesa omonima, questa veniva generosamente donata alla Confraternita della Misericordia di Grosseto con atto dei 18 maggio 1827. Nel 1844 minacciando rovina l’ottenuta chiesa di S.Leonardo i fratelli deliberarono di raderla al suolo, e ricostruire nel medesimo luogo coi disegni dell’ing. Pietro Passerini, l’attuale dedicandola al Patrono della Confraternita della Misericordia, S.Giovanni decollato, oratorio di semplice architettura, ma armonico e decoroso» (A.CAPPELLI '10, pp.33-34).