La chiesa dedicata a S.Giovanni Battista, con la facciata rivolta verso Piazza Martiri d'Istia, a poca distanza dalla Fortezza medicea, dalla metà del secolo XIX è la chiesa della Confraternita della Misericordia, che in precedenza era quella che si trovava là dove è dal 1870 il palazzo comunale di Grosseto, ovvero la chiesa di S.Giovanni Decollato. Il tempio è stato eretto nello stesso luogo ove era quello medievale dedicato a S.Leonardo, edificato presso l'ospedale grossetano più anticamente documentato. Con la soppressione dell'Ordine dei Cavalieri di Malta, proprietario di S.Leonardo, «i fratelli della Misericordia di Grosseto ad istanza del loro Priore, poterono ottenere per uso della Confraternita dal commendatario cav. Federigo Spadafuora la detta chiesa, col solo onore di soddisfare gli obblighi di culto inerenti alla commenda.

Acquistasi poi dal nobile sig. cav. Celso Bargagli di Siena la commenda di S. Leonardo, è divenuto quegli proprietario della chiesa omonima, questa veniva generosamente donata alla Confraternita della Misericordia di Grosseto con atto dei 18 maggio 1827. Nel 1844 minacciando rovina l’ottenuta chiesa di S. Leonardo i fratelli deliberarono di raderla al suolo, e ricostruire nel medesimo luogo coi disegni dell’ing. Pietro Passerini, l’attuale dedicandola al Patrono della Confraternita della Misericordia, S. Giovanni decollato, oratorio di semplice architettura, ma armonico e decoroso» (A.CAPPELLI '10, p.34). «Fu costruito negli anni che vanno dal 1844 al 1851 e restaurato

Archivio di Stato di Firenze. Segreteria di Gabinetto, n. 695,"Raccolta di piante delle principali città e fortezze del Gran Ducato di Toscana levate d'ordine di Sua Maestà Imperiale sotto la direzione del S.re Odoardo Warren, colonnello del Battaglione d'Artiglieria e direttor generale delle fortificazioni di Toscana nel MDCCXLlX)". Particolare della "Pianta della città di Grosseto", [Andrea Dolcini ingegnere, 1749], relativo all'area della chiesa di S.Leonardo, successivamente demolita e riutilizzata per la costruzione di quella dedicata a S.Giovanni Battista della Confraternita della Misericordia.
nel 1868 su progetto dell'ingegnere Ernesto Garelli, che ne cambiò le caratteristiche architettoniche rifacendo il tetto, l'altare e le decorazioni» (B.SANTI '95, p.133).

 

Particolare della tavola di Guido da Siena, raffigurante «Il Giudizio finale » (fine secolo XIII), già nella chiesa di S.Giovanni Battista della Misericordia, conservata oggi presso il Museo Diocesano d'Arte Sacra. «A destra altri defunti sollevano i coperchi dei sarcofaghi, si raccolgono con gesti di terrore e vengono precipitati nell' Inferno tra fiamme e demoni. Dietro gli Angeli che sorreggon la Croce è scritto: " SURGITE MORTUI VENITE AD YUDICIUM "» ( E.CARLI '64, pp.3-4).