Gli altari
 
«Il 1620 si vedono fatti gli ornamenti all'altare maggiore antecedente a quello, che vi è di presente di stucchi, il quale era tutto di legname con scornciature dorature e quadri al tempo del padre fra Pompeo Traversi guardiano e i detti quadri che ora si vedono  in qua e in là per le camere dei Superiori e religiosi sono opere di Cosimo Milanesi Fiorentino e di Alessandro Salernitano» (F.

Fonte battesimale presso il portale, sulla parete sinistra. Nella nicchia sovrastante il fonte due eleganti angeli cinquecenteschi di scuola umbro-senese.
ANICHINI, Storia ecclesiastica della Città e Diocesi di Grosseto, I, ms. 1751, c.179v). L'altare maggiore in legno, di cui fu fatta la decorazione nel 1620, è cosi descritto nel 1576 a carta 31 della Visita Bossi (Archivio Segreto Vaticano Congr. Concilii, Visite Ap. Vol.119, [anno 1576], chiesa di S.Francesco a Grosseto cc.31-32v): «subtus Cappellam testudinatam reperitur altare maius oblongum, sed non altum ut decet, non sacratum, sed cum petra sacra cera maculata, et non equata ad formam» .

Archivio Segreto Vaticano. Congr. Vescovi e regolatori. Visite Ap.60 (già Congr. Concilii, Visite Ap. Vol.119), c.31. 1576

F.ANICHINI, Storia ecclesiastica cit. c.172: « Il 1637 furono da Mons. Turamini deputati in vigore del Breve della Santità di Urbano VIII pella concessione delle Indulgenze dei sette altari e determinati a tale effetto, il Maggiore, quello di S. Francesco, della Concezione, di S. Giuseppe, dell'Assunzione di M.V., di S.Tommaso e di S.Antonio».
All'intervento operato su quest'altare, nel Seicento fanno seguito ricostruzioni e costruzione ex novo di altari, essendo assai degradata la condizione di quelli esistenti al tempo della visita apostolica del vescovo perugino: oltre all'altare maggiore quelli di S.Antonio da Padova, di S.Martino, di S.Giovanni Battista, dell'Annunciata, della Pietà, di S.Bernardino, di S.Antonio de Nemore, di S.Caterina, di S.Sebastiano e dell'Assunzione. Interessante una notizia fornita da Bossi: «Subtus altare Sancti Antonii adest Cappella,
quam nominant del Paradiso» (Ivi, c.32v). Riferisce l'Anichini (Storia ecclesiastica cit., c.172) che nel 1620 furono «fatti di nuovo in stucchi» gli altari della Concezione e di S.Francesco e nel 1627 quello di S.Tommaso, e che «tre altari di stucchi cioè quello di S. Andrea, quello di Vetturali e quello ora dedicato a S. Francesco di Paola furono fatti innalzare da più persone dal 1704 al 1709» (Ivi, c.172v). Ed è del 1709 « per ultimo fu inalzato l’altare maggiore parimenti di stucchi con l’accompagnatura dell’arco a direzione del P. fra Antonio Pallio da Montalcino figlio di questo Convento non da gran tempo in qua, il quale si fece l’arma della sua famiglia lo che da a credere fosse fatta a sue spese, benchè vi sia chi dice il contrario» (Ibidem). Tutti gli altari addossati alle pareti della chiesa furono demoliti in occasione dei restauri ottocenteschi, intesi a restituire alla chiesa l'aspetto originario. In luogo dell'altare maggiore costruito nel 1709 vi è oggi quello realizzato nel 1972.