Il convento, costituito da vari corpi di fabbrica, si trova su una collinetta che fronteggia quella sulla quale è il castello di Batignano. Si raggiunge dal paese percorrendo per circa un chilometro la strada che dal cimitero si dirige verso la Tenuta 'Le Caprarecce', fino ad un bivio dove si piega verso destra per poche centinaia di metri. Attualmente è proprietà privata e sede di manifestazioni culturali.
Il complesso è a pianta rettangolare e conserva ancora la struttura perimetrale originaria. La chiesa è in gran parte diruta, mentre i locali monastici sono in discreto stato di conservazione, con un elegante chiostro in
mattoni. Fuori dalla chiesa, a sinistra, è una struttura con tre arcate centrali, ormai priva di copertura: si tratta dei resti di uno dei laboratori della vetreria che, dopo la soppressione del convento nel 1813, si impiantò nei suoi locali e rimase attiva fino al 1840. Secondo la tradizione locale la prima pietra è posta nel febbraio del 1621, a seguito della scelta di Batignano come luogo in cui risiedere da parte del venerabile Giovanni da S.Guglielmo, dopo la sua adesione alla nuova, rigidissima regola degli Agostiniani Scalzi, che lo determina ad abbandonare il convento di Malavalle, in territorio diCastiglione della Pescaia.

Giovanni da S.Guglielmo in un dipinto murale seicentesco nel portico di accesso al chiostro del convento

Le spese per l'edificazione, completata nel 1626, sono sostenute dalla Granduchessa Maria Cristina di Lorena, moglie di Cosimo II de' Medici, devotissima al venerabile, che così offre un grande convento ai monaci riformati che, ormai assai numerosi, non possono più essere ospitati nel piccolo eremo dedicato a S.Lucia, fondato dallo stesso Giovanni alla sua venuta nella campagna batignanese. È in questo eremo che viene sepolto il venerabile Giovanni, che muore in Batignano nell'anno stesso in cui inizia la costruzione del convento da lui fortemente voluta. Non appena il nuovo complesso dedicato alla Santa Croce è terminato, le sue spoglie vi vengono traslate: «dopo i processi informativi di Grosseto (1628) e di Firenze (1629), furono inserite nel sarcofago ligneo donato dalla Granduchessa Cristina. Nel 1709 la sepoltura venne profanata dal gesto sacrilego di un ladro che asportò la mano destra del venerabile.
In quell'occasione venne effettuata una ricognizione che certificò l'integrità del corpo, "fresco come una rosa", e lo stato di ebollizione del sangue conservato nell'ampolla all'interno della chiesa di Batignano. Ulteriori ricognizioni vennero eseguite negli anni con risultati analoghi. Nel frattempo la causa di beatificazione andava avanti, seppur lentamente, e nel 1770 venne

Archivio Vescovile di Grosseto. F.ANICHINI, Storia ecclesistica della Città e Diocesi di Grosseto, ms. 1752, c.249. "Monastero, o Convento del titolo di S.Croce dei PP. Agostiniani Scalzi fuori di Batignano".

approvato il decreto sulle eroicità delle virtù. Nel 1811, a seguito della soppressione di tutti gli istituti religiosi da parte dell'amministrazione napoleonica, venne chiuso anche il monastero di Santa Croce e la cassa sepolcrale di Giovanni venne trasferita nella Chiesa parrocchiale di San Martino in Batignano. Ad una nuova ricognizione del 1838, il sangue nell'ampolla continuò a risultare fluido, ma il corpo si rivelò invece notevolmente deperito, non rimanendo che lo scheletro. Nel 1895 il vaso col sangue venne portato a Roma, dove esso tuttora si trova, per sottoporlo alle analisi legali per il rinnovato processo di beatificazione. L'ultima esposizione pubblica delle spoglie del venerabile è stata effettuata nel 1926, tra il concorso di centinaia di pellegrini giunti da ogni paese della provincia.Dopo oltre tre secoli dall'inizio delle procedure, il processo di beatificazione non è ancora stato concluso» (M.PAPA '99, pp.35-36).